复杂型泌尿系统感染
复杂型UTI是指泌尿系统存在潜在的结构、功能或代谢异常，或者合并其他并发症的一类泌尿系统感染，这些潜在因素导致感染难以清除或极易发生再次感染。复杂型UTI又分为持续感染（persistentinfection）、感染复发（relapse）或再感染（reinfection）三种情况。
（1）持续感染
持续感染是指即使根据尿液培养和药敏结果选用合适的抗生素后，细菌感染未能得到控制。这种情况下首先需要确认药物的剂量是否正确。如果剂量正确，则说明细菌已经出现耐药性，或者动物的免疫系统异常而导致自主免疫能力丧失，或是抗生素的平均尿液浓度（meanurinaryconcentration,MUC）不能达到有效的抑菌浓度（通常为最小抑菌浓度的4倍）。
（2）感染复发
感染复发是指经过治疗后，动物的感染得到控制，尿液培养结果呈阴性。但一段时间以后又再次发生同种细菌感染的情况。这多数是因为细菌隐藏在肾脏、前列腺、结石、阴道或尿道上皮中；也可能是由于克雷伯氏菌等胞内菌感染的结果。治疗需要评估可能“隐藏”细菌的部位，进行细菌培养和药敏试验后，针对组织穿透性选择用药（如血-前列腺屏障）。
（3）再感染
再感染是指初次感染经过治疗控制以后，再次发生不同细菌感染的情况。再感染的出现多数是由于动物的泌尿系统存在解剖和功能的异常，导致自主免疫系统功能下降，从而易发感染。
复杂型UTI的抗生素用药必须依照细菌培养和药敏试验结果进行选择。如果在等待结果的过程中，必须使用抗生素控制感染，则选择非复杂型UTI的经验性一线用药。优先选择从泌尿道排泄的抗生素。通常建议抗生素治疗周期为4周。治疗周期结束后，停药5-7天再次取尿样进行细菌培养（若选用的抗生素为头孢维星，则建议停药3周后再进行尿液培养）。若尿液培养结果仍为阳性，且仍存在临床症状，则潜在病因还未得到控制（如全身性疾病状态或泌尿系统结构异常等），此时推荐转诊治疗。若培养结果阳性但动物的临床症状解除，则按照亚临床细菌尿进行管理（见下文）。
如果复杂型UTI培养结果为多种细菌同时感染，则需要选用针对多种细菌的抗生素治疗。如果无法针对所有培养出的细菌进行用药，则需要考虑哪种菌可能是与临床症状最为相关的细菌（根据细菌的数量和致病性综合评估）。经验性治疗数据表明当感染细菌中合并有肠球菌感染时，只要其他细菌感染得到控制，肠球菌感染自会好转。不推荐经导尿管将抗生素或抗菌药物注入膀胱中治疗UTI，这只会增加局部刺激导致炎症加重。
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